日本锦鲤主要有以下品种：红白锦鲤，白底上有红色斑纹，是最具代表性的品种之一；大正三色锦鲤，以白色为底色，有红色及黑色斑纹；昭和三色锦鲤，与大正三色相似，但有黑色斑纹。写鲤，身上有黑色墨斑；别光锦鲤，在白、红、黄等单色基调上有块状黑斑；浅黄锦鲤，背部呈深蓝色或浅蓝色，鳞片外缘呈白色；衣锦鲤，是红白锦鲤与浅黄锦鲤杂交的后代。
