对于龟苗和体型较小的鳄鱼龟，由于它们的水性不好，不能直接放入深水区。一般来说，水位应该淹没龟甲2~3厘米，让小龟苗能探头呼吸。随着鳄鱼龟体型的增长，可以逐渐加深水位。当鳄鱼龟的体长达到10厘米以上时，水深可以增加到20~30厘米。当它们的体型长到30厘米时，水深可以达到50~60厘米，这就算是深水养了。
